Ponad połowa z duchownych diecezjalnych i zakonnych poddana została represjom. Spośród 1034 zamęczonych w Dachu duchownych było aż 799 Polaków – kapłanów, kleryków i braci zakonnych. W żadnym z krajów pod okupacją hitlerowską duchowieństwo nie było tak represjonowane jak w Polsce. Względnie dobra sytuacja panowała w Generalnej Guberni. Natomiast na obszarach przyłączonych do Rzeszy duchowieństwo katolickie zostało poddane eksterminacji. Księży masowo wysłano do obozów koncentracyjnych. W karcie ewidencyjnej nie wypisywano im nawet określenia „wróg Rzeszy”, gdyż było to jednoznaczne z adnotacją: duchowny-Polak. Księży zaliczano do inteligencji, a właśnie tę warstwę okupanci zwalczali najbardziej jako elitę narodu. Poza tym Kościół uważano za ostoję polskości, o czym przekonali się Prusacy podczas zaborów, kiedy, w dużej mierze dzięki pracy polskich księży udało się postawić tamę germanizacji. Księży mordowano już od pierwszego dnia wojny. Zaraz 1 września w Gdańsku aresztowano wszystkich polskich duchownych, wywieziono do obozu koncentracyjnego i wszystkich – poza jednym – rozstrzelano. Kapłani byli także wśród ofiar masowych egzekucji we wrześniu i październiku 1939 r. na Pomorzu i w Wielkopolsce. Na podstawie sporządzonych jeszcze przed wojną przez gestapo wykazów duchowieństwa, już w pierwszych tygodniach wojny internowano księży zajmujących eksponowane stanowiska kościelne i tzw. społeczników. Polscy księża ginęli w Auschwitz, a wśród nich św. o. Maksymilian Maria Kolbe, który oddał swe życie za współwięźnia, ojca rodziny, a także w innych obozach zagłady, jak Majdanek, Mauthausen czy Sachsenhausen. Mordowano ich za to, że nie chcieli podeptać medalika czy krzyża, nieraz w sadystyczny sposób, na przykład poprzez utopienie w kloace.